成都超算中心最新成果:蛋白質結構預測模型國產化
蛋白質(Protein)是生物構成的重要基本物質,由各種氨基酸組成,其排列方式和位置的差異使得其種類極其繁多、結構復雜,而這復雜的特性也就注定了研究蛋白質的路徑困難重重。
面對數量龐大,結構復雜的蛋白質種類,為了能更快、更精準地預測出蛋白質結構,國家超算成都中心(以下簡稱:成都超算中心)聯合百度,依據國際公認的開源項目Alphafold2,研發出國產化DCU蛋白質預測模型,從而讓人類有機會從更深層次詮釋生命體的構成和運作變化規律,全面揭示生命運行、發展機制,激發生物科學、藥物研發、合成生物學等方面的發展,為我國生命科學發展帶來了更多新的可能。
面對海量的蛋白質結構信息,傳統實驗方法至今僅能解出10萬個蛋白質結構,但由于氨基酸序列多達10億,傳統方法解出一個蛋白質的結構需要耗時數月甚至數年時間,時間成本巨大。為彌補傳統實驗方法的不足,加速生命科學發展,實現核心技術自主可控,自2021年,成都超算中心與百度合作,基于百度飛槳螺旋槳PaddleHelix平臺,依據國際公認的開源項目Alphafold2,進行了蛋白質結構預測推理計算的國產化開發,自主研發出國內特有的DCU生物計算-蛋白質結構預測Alphafold2模型。
該項目負責人表示:“在傳統的研究中,解析蛋白質結構及互作分析,需要進行X-射線衍射、冷凍電鏡、酵母雙雜等實驗,工作量大,過程繁瑣。成都超算中心搭載的Alphafold2解決了蛋白質結構精準預測的難題,加快了生物學研究。”
在Alphafold2模型中,平時需要花費數月、數年的才能完成的事情,只需要幾天就可以完成。Alphafold2不僅加快了基礎研究效率,還為后續深入的研究工作提供了豐富的數據資料。
此外,為實施農業科技增值行動,提高糧食生產的科技含量,四川農業大學農學院聯合成都超算中心進行了小麥bHLH轉錄因子PGS1調控種子發育影響產量的分子機制解析,為將來培育高產高質小麥材料提供理論依據和備選基因。
成都商報-紅星新聞記者 彭祥萍
(責任編輯:歐云海)